Le nom d´Habère-Lullin provient du château, qui était au 12 et 13ème siècles, possédé par la famille De Lullin.
La commune s´étendait à l´origine jusqu'à la crête qui relie le col de Cou au col des Moises, englobant ainsi le territoire d´Habère-Poche, d´où le nom des Habères donné dans la plupart des textes antérieurs à la séparation des 2 communes en 1840.Au début du 14ème siècle les derniers représentants des nobles De Lullin cèdent leurs droits aux nobles de Fernex. Par mariage et successions le château revint en 1429 à Thomas de Genève-Lullin et demeura dans cette famille jusqu´en 1664.
En 1696 Joseph de Gerbais de Sonnaz l´achète à l´héritier universel des marquis de Genève-Lullin, Emmanuel Faucher, et le fief demeura dès lors dans cette famille.
Le château dont il ne reste aujourd´hui que quelques pans de murs, remontait au 15ème siècle, époque à laquelle une 1ère construction gothique fut édifiée par les marquis de Lullin.
Il fut dans la nuit de Noël 1943, le lieu de tragiques événements. Des jeunes gens y avaient organisé un bal. Les forces d´occupation en avaient été informées, investirent le château et massacrèrent à coups de mitraillettes. Puis elles mirent le feu aux corps et au bâtiment dont il ne resta que quelques pans calcinés.
