Dédiée à Saint Jean Baptiste et construite en 1868, elle a remplacé l'ancienne Église du Crêt.
Elle fut rénovée en 1927 et 1981.
Saint Jean de Sixt fait partie de la paroisse nouvelle de Saint Pierre Favre des Aravis composée de 12 communautés : (la Balme de Thuy, Le Bouchet Mont-Charvin, Les Clefs, La Clusaz, Dingy St-Clair, Entremont, Le Grand-Bornand, Manigod, Saint Jean de Sixt, Serraval, Thônes, Les Villards-sur-Thônes).